Rize Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Lisansüstü eğitimi düzenlemek, yürütmek ve denetlemek üzere 17.03.2006 tarihinde kurulmuştur. Enstitünün organları, Enstitü Müdürü, Enstitü Kurulu ve Enstitü Yönetim Kuruludur. Enstitüde yürütme görevini yapan Enstitü Yönetim Kurulu; Enstitü Müdürü, Enstitü Müdür Yardımcıları ve Enstitü Kurulunca seçilen üç öğretim üyesi olmak üzere altı üyeden oluşmaktadır. Enstitü Müdürünün başkanlığını yaptığı Enstitü Kurulu ise Enstitü Müdür Yardımcıları ile Ana Bilim Dalları başkanlarından oluşmakta ve üst akademik organ olarak Yükseköğretim Kanunu ile fakülte kurullarına verilmiş olan görevleri enstitü bakımından yerine getirmektedir. 

Kuruluşu yeni olan Enstitümüz bünyesinde Fizik, Kimya, Biyoloji, Su Ürünleri ve İlköğretim Ana Bilim Dalları'nda Yüksek Lisans, Fizik, Kimya ve Biyoloji  Ana Bilim Dalları'nda Doktora eğitimi verilmektedir.

Enstitümüzde mevcut olan herhangi bir lisansüstü programa kayıt yaptıran öğrencilere istekleri doğrultusunda ve seviyelerine göre iki yarıyıl süreyle İngilizce hazırlık kursu verilmektedir.